Giáo Hội Tân Ước luôn tuyên xưng chỉ có Đức Ki-tô là Đầu của Hội Thánh. Tuy nhiên, trong hàng ngũ các Tông đồ, Phê-rô được nhìn nhận là người nổi bật nhất. Trong các Phúc Âm và sách Công Vụ, ông thường xuất hiện như phát ngôn viên của Nhóm Mười Hai, giữ vai trò then chốt trong việc tuyên xưng đức tin, hướng dẫn cộng đoàn và củng cố anh em. Sau khi ông qua đời, hình ảnh Phê-rô còn mang chiều kích biểu tượng sâu xa: ông trở thành dấu chỉ nền móng đức tin, sự hiệp nhất và trách nhiệm mục vụ trong Giáo Hội.
Các trình thuật Mt 16,16–18; Lc 22,31–34; Ga 21,15–19 cho thấy cộng đoàn Ki-tô hữu cuối thế kỷ I đã hiểu Phê-rô như người được trao phó một sứ mạng đặc biệt: tuyên xưng đức tin, củng cố anh em và chăn dắt đoàn chiên của Đức Ki-tô.
Những xung đột được ghi nhận giữa Phê-rô và Phao-lô không phủ nhận vai trò đặc biệt của Phê-rô, nhưng cho thấy sinh hoạt Giáo Hội sơ khai có sự đa dạng và tranh luận hợp pháp. Phao-lô có thể phản đối Phê-rô trong những vấn đề mục vụ cụ thể, nhất là liên quan đến Dân Ngoại, nhưng cả hai vẫn hiệp nhất trong những chân lý cốt yếu của đức tin về Đức Ki-tô chịu chết và sống lại. Điều này cho thấy quyền lãnh đạo trong Giáo Hội sơ khai không mang tính độc đoán, nhưng vận hành trong đối thoại, phân định và hiệp thông.
Trong Tân Ước, Phê-rô không được gọi là giám mục theo nghĩa kỹ thuật sau này. Tuy nhiên, truyền thống cuối thế kỷ II đã đặt tên ông đầu danh sách các giám mục Rô-ma, như một cách nhìn ngược lịch sử để ghi nhớ vai trò lãnh đạo nổi bật nhất của ông tại cộng đoàn này. Danh xưng đó phản ánh một tiến trình phát triển cơ cấu hơn là một thực tại hành chính đã hoàn chỉnh ngay từ thời Phê-rô.
Thuật ngữ giáo hoàng và các quyền hạn pháp lý gắn liền với chức vụ này chỉ hình thành dần qua nhiều thế kỷ. Các Ki-tô hữu thế kỷ I không thể có khái niệm về giáo hoàng theo nghĩa hiện đại. Tuy nhiên, nơi con người và sứ vụ của Phê-rô, Giáo Hội nhận ra những yếu tố nền tảng cho sự phát triển sau này của chức vụ giáo hoàng: vai trò củng cố đức tin, biểu tượng hiệp nhất và trách nhiệm mục vụ phổ quát. Có thể nói đến một hành trình Phê-rô, trong đó chức vụ giáo hoàng nảy sinh như một phát triển hữu cơ của lịch sử Giáo Hội.
Giáo Hội thời Tân Ước khác Giáo Hội ngày nay về hình thức tổ chức, phụng vụ và cơ cấu lãnh đạo. Tuy nhiên, điều cốt yếu vẫn được bảo toàn: cùng một Chúa Thánh Thần, cùng một đức tin vào Chúa Cha, Chúa Con và Chúa Thánh Thần, cùng các bí tích nền tảng là Rửa Tội và Thánh Thể, cùng ba nhân đức Tin, Cậy, Mến. Giáo Hội thay đổi trong lịch sử, nhưng vẫn nối tiếp liên tục căn tính do Đức Ki-tô thiết lập, nhờ tác động không ngừng của Chúa Thánh Thần.
