Trong giai đoạn đầu, Ki-tô giáo hoàn toàn nằm trong lòng Do Thái giáo. Tất cả các Ki-tô hữu tiên khởi đều là người Do Thái. Chính Đức Giê-su là người Do Thái, sống theo Luật Mô-sê, tham dự phụng tự tại Đền Thờ và hội đường. Các môn đệ và cộng đoàn đầu tiên cũng tiếp tục sống trong khung cảnh tôn giáo và xã hội ấy.
Thực tế này giúp ta hiểu vì sao Giáo Hội sơ khai không có ngay một chương trình tổ chức riêng biệt hay những cơ cấu mới mẻ. Do Thái giáo đã có sẵn hệ thống tư tế, hy tế, phụng vụ, lễ tiết và điều hành cộng đoàn. Chừng nào những cơ cấu đó còn mở ra cho việc đón nhận tinh thần canh tân của sứ điệp Nước Thiên Chúa, thì các môn đệ Đức Giê-su không thấy cần phải tách ra hay xây dựng một cơ chế song song.
Sách Công Vụ Tông Đồ cho biết Phê-rô, Gio-an và các Tông đồ vẫn lên Đền Thờ vào các giờ cầu nguyện. Điều này cho thấy niềm tin vào Đức Giê-su không bị coi là mâu thuẫn với việc thờ phượng của Do Thái giáo. Chính Đức Giê-su, khi trích dẫn kinh Shema, đã xác nhận đức tin độc thần nền tảng của Ít-ra-en. Nhiều yếu tố trong đời sống cầu nguyện Ki-tô giáo sơ khai, như các thánh ca trong Tin Mừng Lu-ca, mang đậm văn thể và linh đạo Do Thái, chỉ khác ở điểm then chốt là các Ki-tô hữu tin rằng lời hứa cứu độ của Thiên Chúa đã được hoàn tất nơi Đức Giê-su.
Vì thế, trong một thời gian khá dài, Ki-tô giáo không được hiểu như một tôn giáo mới, nhưng như một trào lưu cải cách hay một cách đọc mới truyền thống Do Thái, quy hướng tất cả về Đức Giê-su.
Câu hỏi về sự tách biệt giữa Ki-tô giáo và Do Thái giáo không có một câu trả lời đơn giản. Một phần vì chúng ta chỉ có các nguồn Ki-tô giáo, trong khi hầu như không có tài liệu Do Thái đương thời trực tiếp phản ánh quan điểm của phía bên kia. Các tài liệu Do Thái muộn hơn, thuộc thế kỷ thứ hai hoặc thứ ba, cũng chỉ đề cập đến vấn đề này một cách gián tiếp và mờ nhạt.
Dựa trên các dữ kiện Ki-tô giáo và những phán đoán hợp lý, có thể nói rằng tiến trình tách biệt diễn ra khác nhau tùy nơi, tùy thời điểm và với nhiều nguyên nhân chồng chéo. Một yếu tố quan trọng là sự gia nhập ngày càng đông của các Ki-tô hữu gốc ngoại. Việc những người không cắt bì, không tuân giữ trọn vẹn Luật Mô-sê, nhưng lại tự nhận mình thuộc dân Thiên Chúa nhờ tin vào Đức Giê-su, chắc chắn gây căng thẳng trong các hội đường Do Thái truyền thống.
Ở một số nơi, có thể toàn bộ hội đường tin vào Đức Giê-su. Ở những nơi khác, các Ki-tô hữu tụ họp thành những hội đường riêng. Trong nhiều trường hợp, các hội đường Do Thái không Ki-tô giáo có thể không phản ứng mạnh mẽ hoặc không đủ khả năng để loại trừ các nhóm Ki-tô hữu, khiến cho tình trạng chung sống kéo dài khá lâu.
Một yếu tố khác là hoạt động truyền giáo của các Ki-tô hữu gốc Do Thái đối với những người Do Thái chưa tin. Việc rao giảng Đức Giê-su như Đấng Mê-si-a chắc chắn làm dấy lên tranh luận và chia rẽ. Nghiêm trọng hơn cả là cách thức các Ki-tô hữu tuyên xưng Đức Giê-su. Trong truyền thống Gio-an, Đức Giê-su không chỉ là Đấng được Thiên Chúa sai đến, mà còn được tuyên xưng là Thiên Chúa. Lối tuyên xưng Ki-tô học này bị các thủ lãnh hội đường coi là không thể chấp nhận, vì bị hiểu như việc thờ hai Thiên Chúa.
Do Thái giáo, dù không nhấn mạnh đến tín điều theo nghĩa Ki-tô giáo, vẫn tuyệt đối trung thành với đức tin độc thần. Việc các Ki-tô hữu tuyên xưng Lời là Thiên Chúa đã dẫn đến những phản ứng mạnh mẽ, kể cả việc trục xuất các Ki-tô hữu ra khỏi hội đường, như Tin Mừng Gio-an phản ánh. Tuy nhiên, điều này không xảy ra đồng loạt khắp nơi. Có những vùng mà bầu khí vẫn tương đối ôn hòa trong một thời gian dài.
Từ khoảng những năm 50 cho đến giữa thế kỷ thứ hai, tiến trình ly khai dần dần hoàn tất. Đến lúc đó, cả hai phía đều ý thức rằng Ki-tô giáo và Do Thái giáo là hai truyền thống tôn giáo khác nhau.
Khi bàn về vấn đề bách hại, cần hết sức thận trọng, vì một lần nữa chúng ta chủ yếu dựa trên các nguồn Ki-tô giáo. Điều mà một bên gọi là bách hại, bên kia có thể coi là biện pháp kỷ luật nội bộ nhằm bảo vệ căn tính tôn giáo của cộng đoàn.
Thánh Phao-lô thừa nhận rằng trước khi trở lại, ông đã bách hại các Ki-tô hữu. Các sách Phúc Âm cũng dự báo rằng các môn đệ Đức Giê-su sẽ bị đưa ra trước các thủ lãnh hội đường và bị đánh đập. Tin Mừng Gio-an còn nói đến việc trục xuất khỏi hội đường và thậm chí việc giết hại các Ki-tô hữu được coi như một hành động phụng sự Thiên Chúa.
Câu hỏi đặt ra là mức độ bách hại ấy đến đâu. Có những bằng chứng cho thấy các hình phạt thân xác đã được áp dụng, như việc thánh Phao-lô kể mình đã nhiều lần bị người Do Thái đánh theo hình phạt hội đường. Tuy nhiên, cũng có khả năng trong nhiều trường hợp, các thủ lãnh Do Thái tố cáo các Ki-tô hữu với chính quyền Rô-ma.
Một giả thuyết hợp lý là khi các Ki-tô hữu bị trục xuất khỏi hội đường và không còn được coi là Do Thái, họ mất đi sự bảo vệ pháp lý mà Do Thái giáo được hưởng trong Đế quốc Rô-ma. Từ đó, họ trở thành đối tượng điều tra và trừng phạt của nhà cầm quyền Rô-ma, nhất là khi bị nghi ngờ là vô thần hay gây rối trật tự xã hội.
Vì thế, có thể nói rằng trong một số nơi và một số thời điểm, các thủ lãnh hội đường đã trực tiếp hoặc gián tiếp góp phần vào việc bách hại các Ki-tô hữu, nhưng điều này không xảy ra ở mọi nơi. Bức tranh lịch sử cho thấy một thực tại phức tạp, với nhiều mức độ xung đột khác nhau, chứ không phải một cuộc bách hại đồng loạt và có tổ chức trên toàn thế giới Do Thái.
